สำหรับทุน “โครงการทุนวิจัยมหาบัณฑิต สกว.” มีความประสงคหลักในการสรางมหาบัณฑิตท่ีมีทักษะในการทําวิจัยอยางเปนระบบ และสามารถนําความรูไปใชตามความประสงคของตน
รวมทั้งมีความพรอมทั้งในระดับความรูและประสบการณการวิจัยท่ีจะทําใหสามารถศึกษาตอยอดขึ้นไปอีก
โดยเริ่มการใหทุนตั้งแตป พ.ศ.2547 ปจจุบันนี้การใหทุนแบงออกเปน 2 ดาน ไดแก ดานวิทยาศาสตรและ เทคโนโลยีและด้านมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์